当奢崇明叛乱被平定的消息传回京城的时候，已经是十月末了。因为生产力的落后和因制度腐败导致的社会组织力的低下，此时的信息传播速度是相当缓慢。
十月十六日，奢氏服诛；十八日，安氏被手下族侄所杀，余部皆降。朝廷的对策还没有商议完，叛乱就已经结束了，虽然有些尴尬，但这是好事。
于是，朝廷的大臣又开始了新的议题。只不过对象从如何平叛变成了如何论功行赏，以及怎样平定事情的余波。
代石柱宣慰使秦良玉加太子太保，加二品官员服饰，族弟秦翼明升任都督同知，赏金五百，秦翼明、秦拱明升为守备。各地援川平叛部队各有封赏，不再详述。
朝廷的大臣们倒还没忘记孰轻孰重，论功行赏的事情让礼部内部讨论下就行了。如何处理西南叛乱的余波才是重点议题。
虽然奢崇明已经死了，但恶劣的影响仍在继续。西南土司中响应朝廷号召，率领各地土兵参加平乱的有不少，虽然其中大部分都还到战场，战争就结束了；但是却有更多的人选择是做了墙头草，在那里观望局势，作壁上观；甚至有一些头脑不清楚的私底下与奢氏、安氏叛军暗中沟通，隐隐有投效之意。
虽然朝廷天兵锐不可当，仅仅一月就将逆匪拿下，用强大的武力震慑了肖小之辈。但不稳定因素，并没有因此消失，西南已经恢复了表面的和平，可空气中仍然充满着紧张。许多土官恐惧着朝廷的打击报复，朝廷也对各地土司的“强则侵寇，弱则卑伏，不侍恩义”的行为不满已久；表面上大家推杯换盏、齐聚一堂，庆祝着平叛的胜利，但实际上双方的状态是互相防备，剑拔弩张。
奢崇明这个“火星”已经被浇灭了，但西南地区作为“火药桶”的本质并没有改变。
内阁对事件处理的文件已放在了西苑昭和殿的桌子上。（没错，朱由校决定向老祖宗嘉靖皇帝学习，经常在西苑办公，生活，这对腰也好。）朱由校仔细的翻看了一遍，对此有些不满。
大臣们的建议十分的中规中矩：一、参与平叛、坚定支持朝廷的封赏一一这是应有之意；二、废除永宁宣慰司，改为县制，朝廷派流官治理，其余参加叛乱的大小土司也是如此；至于其三、那些其他的土司，墙头草们便当做不知道，冷处理了。
大臣们如此态度是很好理解的。虽然在此次叛乱中叛军已经攻陷了重庆，震动全蜀，但毕竟与历史上拉据十余年不同，仅仅进行了一个月就平定了，宁王都要比他持久，所以还不足以到达那么的到震动中央的地步，甚至有些人都不把它当回事，全看作了闹剧，而未看清西南“火药桶”的本质。
而对于那些看的出来的官员来说，好不容易快速的平定了叛乱，已是万分幸运，哪有道理没事找事，自找烦恼呢一一稳定是压倒一切的。
每个朝代到了后期，都总是偏向于保守的，不再年轻时的激进，大明自然不例外。大臣们都是老成持重的，对于一个帝国来说，稳定足以压倒一切。但朱由校并不满意这样，他并不希望大明在稳定与沉默中平稳地走向死亡，它需要的是革新，尽管这需要付出一定的代价，许多百姓会成为代价之一，国家会有很长的一段镇痛期，但这值得，朱由校心想。